ম্যালেরিয়ার চিকিৎসার ইতিহাসে কুইনাইনের নাম বিশেষভাবে উল্লেখযোগ্য। এই প্রাকৃতিক ওষুধ, কুইনাইন গাছের ছাল থেকে তৈরি হয়। ম্যালেরিয়ার জীবাণু বহনকারী চষধংসড়ফরঁস পরজীবীর বিরুদ্ধে কাজ করে। দীর্ঘদিন ধরে ম্যালেরিয়ার চিকিৎসায় ব্যবহার হয়ে আসছে বিশেষ করে গুরুতর ম্যালেরিয়ার কিছু ক্ষেত্রে, যখন অন্য ওষুধ উপযুক্ত নয় বা পাওয়া যায় না, তখন চিকিৎসকের পরামর্শে কুইনাইন ব্যবহার করা হতো।
কুইনাইনের কার্যকারিতা সম্পর্কে ধারণা পাওয়া যায় দক্ষিণ আমেরিকার আন্দিজ অঞ্চলে। স্থানীয় মানুষ জ্বর ও কাঁপুনির চিকিৎসায় কুইনা গাছের ছাল ব্যবহার করত। পরে ইউরোপীয় চিকিৎসকরা এর ব্যবহার সম্পর্কে জানতে পারেন। ১৭ শতকের দিকে ইউরোপে কুইনা গাছের ছালের ব্যবহার ছড়িয়ে পড়ে। ১৮২০ সালে ফরাসি রসায়নবিদ পিয়েরে জোসেফ পেলেতিয়ে ও জোসেফ বিঁনেমে কাভেন্তু কুইনা গাছের ছাল থেকে সক্রিয় উপাদান কুইনাইন আলাদা করেন। এর ফলে ম্যালেরিয়ার বিরুদ্ধে একটি নির্দিষ্ট ওষুধ হিসেবে কুইনাইনের ব্যবহার আরও বিস্তৃত হয়।
কুইনাইন ম্যালেরিয়ার পরজীবীর নির্দিষ্ট জীবনচক্রে বাধা দিয়ে রক্তে থাকা পরজীবীর সংখ্যা কমাতে সাহায্য করে। এর ফলে জ¦র, কাঁপুনি ও অন্যান্য উপসর্গ নিয়ন্ত্রণে আসে এবং রোগীর সুস্থ হওয়ার সুযোগ বাড়ে। কুইনাইনের কিছু পার্শ্বপ্রতিক্রিয়া আছে। যেমন কানে শব্দ শোনা, মাথাব্যথা, বমিভাব, মাথা ঘোরা ও দৃষ্টিতে সমস্যা হওয়া। তাই চিকিৎসকের পরামর্শ ছাড়া কুইনাইন গ্রহণ করা উচিত না।